Al ser la capital, Manizales es un eje vial de particular importancia. En la actualidad se llevan a cabo importantes construcciones de malla vial, avenidas, puentes elevados, centros comerciales e hipermercados que darán mayor dinamismo a esta ciudad.
La ciudad tiene nomenclatura urbana de carreras que se incrementan de norte a sur y de calles que se incrementan de occidente a oriente. La principal vía de la ciudad es la carrera 23, ocupa el punto más alto, que se prolonga a lo largo de la cresta de la colina, la conformación urbanística de la ciudad es longitudinal con un eje articulador la carrera 23, que hacia el oriente, se denomina también Avenida Santander.
Manizales es famosa por la alta calidad de su agua potable (siendo la única agua potable en el mundo tratada con agua termal)
Transporte terrestre
A pesar de la geografía montañosa de Manizales, la ciudad cuenta con una amplia red de avenidas y carreteras que comunican los diferentes sectores de la ciudad, así como con las diferentes regiones del país. También cuenta con una terminal de transportes ubicada sobra la vía Panamericana, en el sector de los Cámbulos, esta fue inaugurada, sin terminar el 30 de abril de 2009, desde la cual se despachan vehículos con destino a varias ciudades del país, y aun hoy opera sin tener pavimentados sus accesos y patios de transito de los automotores.
Hay múltiples rutas de buses, busetas y colectivos que permiten desplazarse a cualquier barrio de la ciudad con recorridos que tardan hasta una hora para los puntos más alejados como La Linda en el extremo occidental y Maltería en el Oriental.
El 30 de octubre de 2009, en la ciudad de Manizales se inauguró el servicio de Cable Aéreo; versión moderna del sistema que en los años 20 la comunicaba con Mariquita, el sistema actual es de última tecnología y cuenta con cabinas dispuestas de manera regular en un sólo cable, a diferencia del sistema teleférico que usa dos. Cada cabina tiene una capacidad de ocho pasajeros sentados y puede transportar 1.530 pasasejor por hora. Este sistema sirve para unir la nueva terminal de transportes con el centro de la ciudad.
Transporte aéreo
Manizales cuenta con un aeropuerto nacional llamado Aeropuerto de La Nubia Este aeropuerto cuenta con una pista de aproximadamente 1.400 metros y presta sus servicios de 6 a.m. a 6 p.m. Debido a las condiciones cambiantes del clima, a menudo es cerrado por baja visibilidad, además la presencia de edificaciones de más de dos pisos cerca a la cabecera y las dificultades topográficas hacen inviable ampliar el aeropuerto, lo cual lo ha convertido en un obstáculo para el desarrollo regional ; por estas razones actualmente se está construyendo un nuevo aeropuerto destinado a recibir vuelos tanto nacionales como internacionales. Ya están aprobados los planos y los estados financieros, por lo cual se espera que el aeropuerto esté en funcionamiento para el 2011 y pueda estar en servicio para el campeonato mundial juvenil de fútbol que se realizará ese año en Colombia y tendrá como una de sus sedes principales a Manizales.
El nuevo aeropuerto estará ubicado dentro del área metropolitana, en el municipio de Palestina, a 25 minutos de la ciudad.
